Her iki üründe kültüre edilmiş süt ürünleridir ama farklı türde faydalı bakteri içermektedirler. Yoğurdun içermiş olduğu bakteriler sindirim sistemini temiz tutarak burada konakçı olan diğer faydalı organizmalar için besin sağlamaktadır. Kefir bu özelliklere artı olarak yoğurdun sahip olmadığı sindirim sistemini kolonize etme özelliğine de sahiptir.
Kefir yoğurtta bulunmayan birkaç faydalı bakteriyi de içermektedir, Lactobacillus caucasus, Leuconostoc, Acetobacter türleri ve Streptococcus türleri. Aynı zamanda vücut için yıkıcı patojen özellikte olan mayaların gelişimini kontrol altına alan ve elimine eden Saccharomyces kefir ve Torula kefir gibi mayaları da içermektedir. Sindirim siteminde zararlı bakteri ve mayaların bulunduğu ortamda mukoz asta yapı oluşturarak ortamı temizler ve bağırsakların direncini artırır. Bu nedenle vücut gerek Escherichia coli gibi patojenlere gerek bağırsak parazitlerine karşı daha dirençli hale gelir.
Kefirde bulunan bakteri ve mayalar tam olarak parçalanmamış besinlerin sindirimine yardımcı olarak besin kaybını önlemekte, bu sayede kolonu temiz ve sağlıklı tutmaktadır. Kefirin yoğurda kıyasla daha ince tanecikli yapıda olması sindiriminin kolay olmasını sağlamakta bu sayede de gerek bebekler gerek rahatsız yaşlılar ve sindirim bozukluklarına sahip olanlar için kullanımını kolaylaştırmaktadır.
